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En el valle del Abra en los límites entre Zipaquirá y Tocancipá se encontraron unos de los restos humanos más antiguos de Colombia. La secuencia estratificada de instrumentos líticos allí presente con huesos de animales y fragmentos de carbón vegetal datados mediante C14 en 12.400 años ± 160 a.P.

Las primeras investigaciones en el sitio tuvieron lugar en 1967, cuando se obtuvo por primera vez en Colombia una secuencia estratificada de instrumentos líticos, asociados con huesos de animales y fragmentos de carbón vegetal datados mediante C14 en 12.400 años ± 160 a. C

A partir de 1969 se realizaron excavaciones más amplias con la colaboración de la Universidad de Indiana y en 1970 con el patrocinio de la Fundación Neerlandesa de Estudios Tropicales (Wotro) y el apoyo del Instituto Colombiano de Antropología, fueron localizados en la región otros 4 sitios precerámicos estratificados. Sedimentos lacustres depositados han permitido precisas reconstrucciones del clima y la vegetación basados en estudios palinológicos.

Hace 15.000 a 12.500 años, un período conocido como estadial Fúquene, el clima era frío y seco y la vegetación era de páramo. Cortadores de piedra y desechos de talla testimonian la presencia humana, en una unidad estratigráfica para la que se estiman 13.000 años a.c.

EPOCA MUISCA

Zipaquirá es una de las ciudades más antiguas de Colombia, sus orígenes anteceden a la época de la Conquista. De su actual nombre hay tres posibles orígenes uno de ellos es extraído del pueblo indígena que habitó al pie del Cerro del Zipa, "Chicaquicha", que traduce "al pie de la cumbre" o simplemente "pie de cumbre"2 ", según otras fuentes "Ciudad de nuestro padre"y la última trata sobre una historia sobre una unión entre el Zipa y una mujer llamada quira.

Hasta el Siglo XIX se escibía con C, y la otra corresponde a Zipa título otorgado al que era el gobernador del pueblo y de su esposa conocida con el título de Quira, de allí Zipa-Quirá. Los indígenas que allí habitaban, se ubicaban en la parte alta de la mina llamada "Pueblo Viejo", aproximadamente 200 metros arriba respecto al sitio que hoy ocupa la ciudad donde a la llegada de los cronistas españoles (1536) "se alzaban un centenar de viviendas, con una población de 1.200 personas".

Estas tierras pertenecían a los dominios del Zipa de Bacatá, señor de la parte sur del pueblo Muisca. Esta zona de la Sabana de Bogotá era surcada en aquella época por una sucesión de pequeños lagos y arroyos, que permitían el transporte de sus habitantes en canoas, medio por el cual los habitantes de Nemocón, Gachancipá y Tocancipá llegaban a Chicaquicha para abastecerse en la preciada sal, que intercambiaban por vasijas y tejidos. La sal era también intercambiada con pueblos de toda la región andina de Colombia incluyendo los Panches, Tolimas y Pantágoras en el actual departamento del Tolima, y los Muzos del actual departamento de Boyacá.

EPOCA COLONIAL
El 18 de julio de 1600 El Oídor Don Luis Henríquez profirió el auto de poblamiento en el sitio con 618 tributarios y sus familias y erigió la "Villa de Zipaquirá". El 2 de agosto de 1600 estando en Cucunubá el Oídor Henríquez contrató con Juan de Roblesla construcción de la Iglesia de Zipaquirá, que se llamaba capilla de santa clara del socorro de cipaquirá, posteriormente fue reconstruida por el Corregidor Pedro de Tovar y Buendía, cuando era Párroco Fernando de Buenaventura y Castillo, esta tenía un estilo renacentista y era muy oscura, el altar estaba tallado en madera y el piso era en tabla, un pintor llamado Juan Santiago Felipe de la torre y el castillo, realizó unos frescos en el techo que fueron borrados por la humedad.

ÉPOCA REPUBLICANA

Con la Constitución de Cundinamarca de 1815 es constituida capital de la provincia del mismo nombre. En el año de 1852 Zipaquirá cambia de estatus y pasa a ser Provincia de Zipaquirá, su terreno era aproximadamente el doble de lo que es hoy en día.

El 10 de julio de 1863 fue designada capital de Estado Soberano de Cundinamarca, aunque posteriormente se designó a Funza por Decreto del presidente Morales. Por Ley 46 del 29 de abril de 1905 se creó el Departamento de Quesada cuya capital era Zipaquirá y subsistió hasta el 30 de abril de 1910, Zipaquirá es una de los postulados para capital de Cundinamarca, y lo fue por más de 200 años, hasta que los gobernantes decidieron que Bogotá debía ser su capital por ser más grande y más poblada.

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